从我国前六次全国人口普查分析，我国人口出生率总体呈下降趋势，人口总体生育能力的下降是一个不可忽视的问题。对于女性，妊娠的成败关键在于胚胎能否成功植入子宫并顺利生长。随着人们生育观念的改变、三孩政策的放开、晚婚晚育的普遍，高龄妇女逐渐在女性生育大军中占据较高比例，这类女性生育能力显然下降，辅助生殖技术(assisted reproductive technology，ART)的发展无疑为这类难以自然受孕女性带来生育的希望。但是还是有患者出现反复移植失败的情况，并且向我们艾尼亚健康试管试管之家提问反复移植失败我该怎么办!其实，这和子宫内膜容受性有关!本文小编为大家具体科普一下子宫内膜容受性基因检测项目!

体外受精/卵胞质内单精子注射-胚胎移植(in vitro fertilization/intracytoplasmic sperm injection-embryo transfer，IVF/ICSI-ET)是用人工方法让卵子和精子在IVF并进行早期胚胎发育，然后移植到母体子宫内发育而诞生的婴儿。该技术的发展帮助广大不孕不育患者解决大部分生育困扰，但随之而来的反复种植失败及妊娠丢失无疑是此技术发展中需面临的问题，其中以反复种植失败问题尤为突出。健康的胚胎及容受性良好的子宫内膜能大大提高种植率，有研究显示，约2/3的着床失败与子宫内膜容受性相关，子宫内膜容受性即子宫内膜允许胚胎黏附直至完成植入过程。

一、资料来源

以“implantation failures(IF)”作为搜索词，美国国立生物中心的GEO数据库搜索已公布的人类基因芯片数据集。本研究选取GSE26787数据集和GSE111974数据集，两者数据集均以黄体中期/着床窗口期非受孕子宫内膜为研究组织，GSE26787数据集纳入5例至少有3次不明原因流产的患者，5例移植至少10个IVF/ICSI优质胚胎重复植入失败的患者及5例既往正常妊娠至少1次患者的子宫内膜活检组织，共15份样本。GSE111974数据集纳入24例既往正常妊娠至少1次患者及24例连续3个IVF周期内妊娠失败，每个周期内优质胚胎移植≥1次的患者子宫内膜活检组织。

二、原始数据的处理

在GSE26787数据集中将下载的原始数据选取正常妊娠妇女对照(fertile controls，FC，GSM659103-GSM659107)组和种植失败(implantation failures，IF，GSM659108-GSM659112)进行分析。在GSE111974数据集中将下载的原始数据分为正常妊娠妇女对照(fertile controls，FC，GSM3045867-GSM3045890)组和反复种植失败(repeated implantation failures，RIF，GSM3045891-GSM3045914)组。使用R语言将原始数据经过质量分析、归一化处理后下载Biocounuctor生物安装包进行探针和基因名的转换，去除掉重复数据，构建表达矩阵。

三、差异基因的筛选

在R语言中加载limma包进行差异基因的筛选。差异基因以P<0.05、|logFC|≥1为上、下调基因的筛选标准。在R语言加载ggplot2、ggrepel、dplyr等程序包将差异基因以火山图形式表现。R语言加载pheatmap程序包，筛选P<0.01、|logFC|≥2的显著差异基因，进行热图聚类分析。子宫内膜容受性基因检测将两数据集所得差异基因利用Venny2.1.0在线工具进行对比交集，获得共差异表达基因。

四、功能富集分析和通路分析

用DAVID数据库将交集所得差异基因进行基因本体论(gene ontology，GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genome，KEGG)通路分析。GO分析分为生物过程(biological process，BP)、细胞组分(cellular component，CC)和分子功能(molecular function，MF)。GO分析中，以P<0.01为差异有统计学意义，以P<0.01且基因数>10为差异有显著统计学意义;KEGG分析中以P<0.01为差异有统计学意义。

五、蛋白质相互作用网络的构建和关键基因的筛选

使用String数据库构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction network，PPI)网络，以最小互作评分>0.4为筛选标准。使用Cytoscape软件对PPI网络进行可视化分析，计算节点的个数(node)和连通度(degree)。使用cytoHubba插件的MCC算法筛选连通度最大的前10位作为关键基因。使用分子复合检测(molecular complex detection，MCODE)插件对共表达的子网络进行模块分析，设置参数degree cut-off值为2，node score cut-off值为0.2，K score值为2，Max.Depth值为100。

本研究以着床窗口期子宫内膜为研究组织出发，借助GEO数据库探讨其关键基因及信号通路，从基因表达层面分析差异表达基因对胚胎植入过程的影响。反复移植失败我该怎么办?先做子宫内膜容受性基因检测!以上就是全部艾尼亚健康试管试管之家专家为大家科普的关于基于GEO数据库芯片对反复种植失败者子宫内膜生物信息学分析的资料与方法，希望对大家有所帮助，如有关于试管婴儿以及不孕不育的相关难题，请及时联系我们的在线专家，我们将为您提供全方位最专业、最值得信赖的诊疗服务!