免疫系统疾病包括：自身免疫性疾病、抗髓细胞自身免疫性疾病、抗体自身免疫性疾病、免疫缺陷病、炎性自身免疫性疾病等。
其中，自身免疫性疾病是由于人体免疫系统产生了对自身抗体而引起的，又称自身免疫性疾病，它包括系统性红斑狼疮、硬皮病、风湿性关节炎、脊索综合征等等；抗体自身免疫性疾病包括类风湿性关节炎、硬皮病、系统性硬化症、冻疮等等；免疫缺陷病主要指各种因免疫缺陷导致的疾病。
如过敏性鼻炎、支气管哮喘等；炎性自身免疫性疾病包括急性出血性结膜炎、系统性红斑狼疮、全身性弥漫性血管炎等等。
免疫性不孕是一类由免疫因素导致的不孕症，它是指在受孕条件理想的情况下，由于人体的免疫系统出现异常导致卵子受不到完全的刺激，即未能受到正确的刺激而快速分裂。免疫性不孕的发病机制还不是完全清楚，但是通常发病机制是由于人体免疫系统产生了对卵子、卵子膜、输卵管内壁或前列腺素蛋白等物质的抗体而引起。
表观部分，当免疫细胞和抗体发生反应时，导致细胞结构破坏，抑制受精卵发育，也会出现卵巢异常和特异性抗原滤过，使卵子在精卵结合时出现抗原孤立现象，进而受精卵受精不能发育成功。
艾尼亚健康试管试管之家专家提醒，临床上，免疫性不孕的表现多为泛素化、表达免疫球蛋白抗原及抗半胱氨酸抗体等，有人提出先天性遗传因素导致的个体差异对病例的发病也有重要影响。
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