子宫囊肿有可能会影响女性的生育能力，但这取决于发病原因和病情的复杂性。囊肿大小的不同可能会影响子宫的功能，肿瘤的位置也可能影响着子宫的功能，结构是否受到破坏，进而影响子宫的功能。通常情况下，在未受到损害、子宫内未形成免疫抑制因素时，子宫囊肿患者是有可能怀孕的。
如果没有做出囊肿切除手术，只是用药物治疗，可能治疗不彻底，仍然有复发的可能性，这样可能会影响子宫功能，影响患者怀孕。而如果子宫囊肿进行切除，这样可以保证子宫结构的完整，从而不会影响患者的生育能力，怀孕的成功率更大。
至于子宫囊肿有没有可以做三代试管手术的可能性，具体看个人病情，如果子宫结构完整、没有免疫抑制因素并且子宫功能正常，那么患者就可以考虑三代试管手术。三代试管胚胎移植，是由促排卵药物引起体外受精，实施胚胎移植的一种试管辅助生殖技术，是人工授精的最重要的开创者和实施者，即促排卵、受精和胚胎移植三步棋，它也是最大的参与者，是自然生殖的人工辅助。三代试管手术需要良好的临床护理，包括检查患者的身体状况，实施试管受精，服用成熟药物，控制体温，促进胚胎发育，监测胚胎发育情况，决定何时外移植胚胎，给患者行静脉注射以及心理疏导等。
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