胚胎停育的病因很多，主要分以下三类，分别是受精卵的自身因素、染色体异常、基因缺陷
1
受精卵自身因素
胚胎的染色体异常、染色体数目异常、基因异常等是胚胎停育的主要原因
2
染色体异常
例如:卵细胞染色体核型异常，基因缺陷等也是导致胚胎停育的原因之一
3
染色体异常
染色体核型异常是指染色体数目异常，如染色体数目异常染色体多核苷酸多态性(染色体多态性)，染色体数目异常染色体核苷酸多肽多态性(核苷酸多糖多态性(nucleotide-polymorphism， NP)，核苷酸多聚体多态性(polyphenol-polysaccharide polysacchymal， PG)，核苷碱异构体多态性等
4
基因缺陷
指染色体的异常，如染色体的染色体核型异常、染色体基因异常、基因缺陷等
5
染色体核型不正确
染色体染色体核型不正确的患者，其胚胎出现停育、畸形的概率很高
6
染色体核型错误的患者，可能导致试管胚胎停育。
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