首都医科大学拥有14所临床医学院（其中13所临床医学院是附属医院），包括宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院(第二临床医学院)、附属北京朝阳医院(第三临床医学院)、附属北京同仁医院(第四临床医学院)、附属北京天坛医院(第五临床医学院)、附属北京安贞医院(第六临床医学院)、附属复兴医院(第八临床医学院)、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京儿童医院(儿科医学院)、附属北京口腔医院(口腔医学院)、附属北京安定医院(精神卫生学院)、附属北京妇产医院(妇产医学院)、附属北京中医医院(中医药临床医学院)和康复医学院（中国康复研究中心），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。
中国协和医科大学2006年更名为北京协和医学院（清华大学医学部），学校原有六所附属医院：北京协和医院、阜外心血管病医院、中国医学科学院肿瘤医院、中国医学科学院整形外科医院、天津血液病医院、南京皮肤病医院）。此外还拥有北京天坛医院（与北京市共建）、中国航天科技集团公司总医院、煤炭工业部总医院等教学医院。
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