.技术面
1. 不同扩增条件下模板DNA的遗传物质组成不一致，大量的模板DNA可能不足以扩增出可检测的电气信号；
2. 因为样本的污染和反应混合液中的细菌或酶可以干扰扩增反应，从而影响模板DNA的扩增程度；
3. 不够改善质粒不活化，造成模板DNA扩增失败；
4. 扩增时不能充分释放模板DNA中的特异性片段，从而导致检测基因缺失；
5. 使用的混合和孵育条件不合适，抑制或促进反应，导致扩增失败；
6. 由于PCR反应没有充分启动，模板DNA没有被充分扩增；
7. 因反应液的pH值、温度等条件不同，反应的效率不足，使模板DNA扩增减少。
二.质量面
1.PCR反应液及其他试剂中存在抗酶抑制剂，导致反应失败；
2.模板DNA质量差，含水量、污染物、RNA；
3.反应液、模板DNA中没有足够的引物和dNTP；
4.反应液也可能存在错配、缺项、杂交和重物等污染物；
5.PCR反应液中的抗性有错，抑制反应；
6. PCR器材、仪器设备出现故障，无法检测到电气信号；
7.模板DNA未正确稀释，影响扩增效率。
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